Le projet de confédération fut critiqué de toutes parts. Certains craignaient que le gouvernement central ait trop de pouvoir ; d’autres croyaient qu’il n’en aurait pas assez. Il y eut aussi des objections concrètes, comme celles de Joseph Howe :
[I]l fallait bâtir des chemins de fer, établir des liens entre les populations et procéder à des échanges commerciaux avant de réaliser l’union et d’en faire une réussite ; les Résolutions de Québec, nées de la situation canadienne, conduiraient la Nouvelle-Écosse à la perte de son indépendance et à sa ruine économique.
Le Canada-Est
Dans le Canada-Est (Bas-Canada, Québec actuel), de jeunes « rouges », comme Médéric Lanctot, organisèrent une résistance contre George-Étienne Cartier et la confédération :
[En 1864, l]es jeunes nationalistes déclenchent une vigoureuse campagne de presse contre le projet de confédération et contre les vieux partis. Ils favorisent la création d’un État du Québec indépendant. Parallèlement à cette campagne de presse, Lanctot organise une campagne d’agitation politique. Menée tambour battant par l’équipe de l’Union nationale, cette campagne prend l’allure d’une croisade. On y relève deux phases. D’août à novembre, les jeunes nationalistes tiennent des assemblées publiques qui groupent quelques centaines de personnes et au cours desquelles ils dénoncent le principe de la confédération, puis font approuver des résolutions qui condamnent les projets de la grande coalition. À partir de novembre, ils réclament un appel au peuple et font signer des requêtes à cet effet.
Le Canada-Ouest
Dans le Canada-Ouest (Haut-Canada, Ontario actuel), quelques observateurs conclurent que le projet qui émergeait de Charlottetown et de Québec était prématuré et coûteux, et soutinrent qu’il présentait peu d’avantages pour le Canada-Ouest. D’autres, comme Matthew Crooks Cameron (un des rares conservateurs qui s’opposèrent à l’union), prévinrent que la confédération entraînerait un relâchement des liens avec la Grande-Bretagne :
La perspective d’un grand pays n[…]’éblouissait pas [Cameron] : « Nous ne pourrons jamais atteindre mieux à la grandeur qu’en demeurant sous la dépendance de la couronne britannique. » Les résolutions, prétendait-il, « individualisaient » les provinces et contribuaient aux sujets de discorde ainsi qu’à l’éventualité d’être séparé de l’Empire et entraîné « dans le tourbillon de l’annexion » aux États-Unis, « le plus grand mal » qui pût arriver.
Les Maritimes
De nombreux habitants des Maritimes craignaient la dominance potentielle de la province du Canada. De plus, certains problèmes régionaux particuliers restaient à régler. George Coles croyait que l’Île-du-Prince-Édouard accepterait la confédération si l’épineuse question des terres était résolue. Enfin, on appréhendait vivement la possibilité que les provinces Atlantiques se trouvent forcées de partager la dette canadienne.
Albert James Smith, qui fut au Nouveau-Brunswick le principal opposant à la confédération, fit campagne auprès des électeurs :
[Smith] parcourut la province en prononçant de violents discours dans lesquels il déclarait que le projet de confédération avait germé dans les « cervelles graisseuses des hommes politiques canadiens » comme solution à leurs propres problèmes et comme combine pour exploiter les autres. Il demandait à ses auditeurs d’examiner les deux états, « l’un [le Canada] aux prises avec l’anarchie et l’agitation. [... l’autre] le Nouveau-Brunswick [...] jouissant de tous les bienfaits de cette vie. »
Pour en apprendre davantage sur les objections, les doutes et les incertitudes exprimés au sujet de la confédération, nous vous invitons à explorer les listes de biographies qui suivent.